En 1936, al integrar la Liga de Parque Rodó, modifica la camiseta por similitud con otro equipo, apareciendo por primera vez la tradicional camiseta blanca con diagonal negra, aunque luego de ese año vuelve a usar la camiseta a franjas la cual se utilizó hasta antes de comenzar la Rueda Final del Campeonato Uruguayo de la Extra de 1942, cuando se adoptó definitivamente la actual casaca. Siete años después volvieron a encontrarse, esta vez con Alfredo Di Stéfano militando en las filas del Real Madrid, y con la motivación de haber ganado tres copas europeas, en 1959. El resultado terminaría con igualdad a un gol, con anotaciones del mismo Di Stéfano para la Casa Blanca y Hugo Contreras para los Azules. En homenaje a Di Stéfano el Real Madrid decidió invitar al club capitalino para la celebración del Trofeo Santiago Bernabéu de la edición 2012. El partido se llevó a cabo el día 26 de septiembre de ese año, y el resultado fue 8 a 0 a favor del Real Madrid, camisetas de fútbol baratas mujer siendo esta la primera y única vez que el club español derrotó al conjunto embajador y siendo a la vez la mayor goleada del Real Madrid en contra de Millonarios.
Actualmente Millonarios presentó su nueva sede deportiva denominada Alfonso Senior Quevedo. Tres canchas de fútbol con idénticas dimensiones a la del Campín, y una casa, también de un piso, camisetas de futbol baratas bonitas en cuyos alrededores empieza a girar la nueva casa de los embajadores. Tres días después el equipo Merengue tendría una nueva oportunidad para enfrentar a Millonarios, esta vez con ocasión del Trofeo de la Cancillería de España donde nuevamente el equipo embajador se impondría por un marcador de 2-0, siendo ambos goles marcados por Antonio Báez. México concluyó en tercer lugar producto de un triunfo (3-0 sobre Costa Rica), dos empates (2-2 ante Brasil y 1-1 con Costa Rica) y tres derrotas (3-2 y 2-0 contra Argentina, y 2-0 ante Brasil). Allí en los dos encuentros, ambas escuadras terminarían empatadas a un gol, manteniendo el equipo bogotano su invicto ante los madrileños.
En la tabla anexa (ver Anexo:Tabla histórica de la Categoría Primera A) se actualizan constantemente los datos, sumando los puntos obtenidos por cada equipo desde la publicación de la misma por parte de la División Mayor del Fútbol Colombiano. Asimismo, por ambos clubes han pasado jugadores históricos, tales como Di Stéfano y Amadeo Carrizo, entre otros, y a esto se suma también la hermandad que se ha formado entre las hinchadas del club argentino y el colombiano. En 1989 se pensó en construir su propio estadio para convertirse en el primer equipo colombiano con estadio propio, pero el proyecto no llegó muy lejos porque no encontraban terrenos aledaños a la capital lo suficientemente grandes como para albergar una construcción de tal magnitud. Un terreno de 40.000 metros cuadrados, ubicado en la zona conocida como Arrayanes, en el norte de la capital. Cuando el equipo en 1938 fue adquirido temporalmente por la Municipalidad de Bogotá y se convirtió en el Club Municipal de Deportes, pasó a jugar en el recién inaugurado Estadio Nemesio Camacho El Campín, actualmente ubicado en el barrio El Campín en la Avenida Norte-Quito-Sur (NQS) con Avenida Calle 57(Localidad de Teusaquillo), la dirección oficial es Carrera 30 N.º 57-60, y es propiedad del Distrito Capital de Bogotá y administrado por el IDRD (Instituto Distrital para la Recreación y el Deporte).
Para mayo de 2018 el presidente del club Enrique Camacho declaró que el club económicamente ya puede construir su estadio propio sin ningún problema y ya se han visto terrenos, pero debido al POT (plan de ordenamiento territorial) no se podrá construir dentro de Bogotá. Para noviembre de 2018 el presidente del club Enrique Camacho junto con Gustavo Serpa (accionista del club) ratificaron la intención de hacer el estadio y afirmaron que ya se adquirió un terreno al norte de Bogotá.
En sus inicios, las primeras canchas que uso el entonces Juventud Bogotana fueron la del «field» de la hacienda «La Merced» que tenía el Colegio de San Bartolomé (llamado hoy Colegio Mayor de San Bartolomé) en la zona donde actualmente queda el Parque nacional Enrique Olaya Herrera y el Colegio San Bartolomé la Merced (entre las actuales Calle 34 y Avenida 39 con Carrera Séptima y Avenida Circunvalar). La primera sede del club cuando se fundó en 1946, se encontraba en la Carrera Séptima con Calle 25 (antes de que se construyera la Avenida El Dorado o Calle 26), en cercanías del Planetario Distrital y el Parque de la Independencia. Para el torneo de Primera B de 1965 se dispuso la participación de 23 equipos, que jugaron a dos ruedas de partidos todos contra todos, con un total de 46 fechas y 44 encuentros por equipos. Tras 16 jornadas, el Villarreal suma 28 puntos, estableciendo un nuevo récord de mejor equipo recién ascendido tras 16 partidos.
Las categorías inferiores o divisiones menores del club hacen referencia a los equipos de reservas y juveniles que representan a Millonarios en los torneos nacionales en categorías inferiores, se creó a mediados de la década del 60 y ha servido como plataforma al equipo bogotano para sustraer varios jugadores para su plantilla profesional. Millonarios ocupa el primer lugar de la tabla histórica de puntos del fútbol profesional colombiano, publicada al finalizar el año 2008, con 3.797 puntos. El reglamento utilizado como base para el fútbol fue el Código Cambridge, excepto por dos puntos del mismo, los cuales eran considerados de mucha importancia para los códigos actuales: el uso de las manos para trasladar el balón y el uso de los tackles (contacto físico brusco para quitarle la pelota al rival) contra los adversarios.
